集美大学和闽南师范大学虽然在福建省内知名度都很高，但是两所学校的发展模式并不相同。集美大学主要是依靠合并院校，扩大自身规模而升级为“大学”；而闽南师范大学则是从师专起步，自力更生，一步步升级进入“大学”行列的高校。两种不同模式，就注定了各自的特点。
集美大学是通过多所学校合并组建而成，而且五所学校主要教研方向并不相同，所以集美大学经过合并之后，一跃进入综合性大学行列，属于多学科并举的高校。但是五所学校中，集美师专、厦门水产、福建体育相对实力强一些，目前这些学校贡献的学科和专业，也是集美大学的“招牌”，而航院和财院实力偏弱一点，相关专业整体实力也相对弱一些。
集美大学的航院虽然宣称创办于1920年，实际上真心不是。1920年陈嘉庚创办的航院，后来合并了福建船政学堂之后，由合并了厦门大学的航务专业，成立了福建航海专科学校，最终被现在的大连海事大学收编在旗下了。而目前集美大学的航院，是1954年复建的中专而已，建校之初实力就很弱，主要是在教学设备设施方面落后太多，而且项目引进也非常差，所以很难发展。
闽南师范大学早期只是一所师专，不过后期办学也非常坎坷，多次合并撤并，恢复高考之后，才逐渐恢复元气，发展起来。1984年才升级为“学院”，而此时国内多所师范类高校都已经进入本科高校了，可见其当时的实力之差。整体来看，集美大学的综合实力胜过闽南师范大学一些，这主要是因为闽南师范大学高速发展其实是2000年之后的事情了，而2000年之前集美大学就已经华丽转身，成为省内高校的翘楚了，所以两所学校有差距，也实属正常情况。
