上海海事大学和上海海洋大学两所高校都位于上海市，属于同城知名高校，但是两所学校的发展历程并不相同。两所学校最初都是“双非”高校，不过随着2017年“双一流”大学评选结果揭晓，上海海洋大学脱离了“双非”阵营，进入了世界一流学科建设；而上海海事大学，依旧是一所“双非”高校。由此可见，两所学校的实力还是有一定差距的。
上海海事大学其实建校于1959年，他于之前的上海航务学院基本没有啥关系，更同晚晴建立的吴淞商船学堂没有太大联系。1953年院系调整中，上海航务学院就已经被大连海事大学合并了，事实上当时船务方面的实力派也是大连海事大学，毕竟当时旅大港在军事上，设施上也要更先进一些。而目前的上海海事大学，是1959年重建的高校。而且在1962年撤并高校浪潮中，基本将新建的上海海事大学主力专业全部调离到大连海运学院和武汉水运工程学院了。
上海海事大学此后，其实一直在搞文科方面的航务教学工作，如财会、外语、航运经济等等，实质性的工科专业已经被其他学校分走了。这主要是因为工科专业需要大量的教学设备和设施，这些上海海事大学都不具备，但是文科专业就需要一本书，一名教师就可以开课，所以上海海事大学就被改为涉海的文科高校。不过，脱离了航海工科的文科高校，其实也不太好混，所以改革开放之后，学校也开始走航海工科方向专业了。
上海海洋大学是国内最早的水产本科院校，在中国海洋大学没有成立之前，以水产为特色，并且在水产专项方面的权威高校，就属上海海洋大学，可以说他是中国水产类高校中第二学府。上海海洋大学在远洋捕捞、深水产品利用，淡水养殖方面实力都非常强，在海洋装备方面也有一定基础，主要是应用在海洋捕捞方面。整体来看，上海海洋大学的综合实力胜过上海海事大学一些，这一点毋庸置疑！
