强基计划学生只能选择填报1所学校。如何从36所学校中选择最适合自己的院校，成为强基计划报考的一个难点。
强基计划重在基础学科人才的培养，选择院校的一个关键因素就是选择好意向的学科。综合分析36所院校的招生专业，可以发现它们所对应了12个学科方向。其中，数学、物理、化学、生物这四大理科基础学科是招收院校最多的，其次是哲学、历史、中国语言文学3大人文社科类学科，此外，强基计划的招生专业中也有基础医学这一医学方向学科；力学、核科学与技术这两个工科方向学科。生态学和考古学只有个别院校招生。（暂不包括北京师范大学）
因此，我们可以参考学科评估的结果，从中选择意向学科实力较强的院校。
学科评估是教育部学位与研究生教育发展中心（简称学位中心）按照国务院学位委员会和教育部颁布的《学位授予与人才培养学科目录》（简称学科目录）对全国具有博士或硕士学位授予权的一级学科开展整体水平评估。学科评估是学位中心以第三方方式开展的非行政性、服务性评估项目，2002年首次开展，截至2017年完成了四轮。
第四轮学科评估评估结果按“分档”方式呈现，具体方法是按“学科整体水平得分”的位次百分位，将前70%的学科分9档公布：前2%（或前2名）为A+，2%～5%为A（不含2%，下同），5%～10%为A-，10%～20%为B+，20%～30%为B，30%～40%为B-。
招收数学学科的强基院校实力比对：
招收物理学科的强基院校实力比对：
招收化学学科的强基院校实力比对：
招收生物学科的强基院校实力比对：
招收力学学科的强基院校实力比对：
招收核科学与技术学科的强基院校实力比对：
招收生态学学科的强基院校实力比对：
招收基础医学学科的强基院校实力比对：
招收哲学学科的强基院校实力比对：
招收历史学科的强基院校实力比对：
招收中国语言文学学科的强基院校实力比对：
招收考古学科的强基院校实力比对：
当然，学科实力只是选择强基计划院校的考量因素之一，考生还应该结合自己的成绩与院校录取的差距、院校的地理位置、学校的培养特色与方式等多个因素综合考虑最适合自己的院校。
